Avião
As principais cidades estão conectadas por via aérea. Japan Airlines, JAL, além de suas rotas internacionais à mais de 67 cidades em 30 países diferente, realiza vôos as principais cidades de Japão. Desde sua fundação, no ano de 1951, Japan Airlines, JAL distingui-se por sua qualidade, serviço e pontualidade, mas sobretudo por sua segurança. Japan Airlines possui ademais outras linhas como Japan Asia Airways (JAA) que cobre as rotas em direção a Taiwan e Ásia, Japan Air Charter (JAZ) para vôos charter para Ásia, Japan transOcean Air (JTA) para os vôos interior e na Ilhas Okinawa e outros destinos no país, J Air, um serviço que une as cidades de Nagasaki, Hiroshima, Matsuyama e Oita e JAL Express, linha aérea regional (a partir de julho de 1998).

O Aeroporto Internacional de Tóquio o Narita Aiport encontra-se a 60 quilômetros da cidade. É de fácil acesso através de ônibus e de trem. A maioria dos vôos nacionais se realizam desde o Aeroporto de Haneda em Tóquio.

O Aeroporto Internacional de Osaka encontra-se a 15 quilômetros do centro da cidade e desde ali pode-se chegar facilmente a Kyoto, Nara ou Kobe.

O Aeroporto Internacional de Kansai, o primeiro aeroporto que funciona as 24 horas do dia, é a melhor entrada as cidades da Região de Kansai. Encontra-se a 75 minutos de Kyoto, a 45 minutos de Osaka, a 29 minutos de Tennoji e a 25 minutos de Kobe. Um aeroporto moderno, eficiente e provisto de todos os serviços.

Trem
Japão conta com uma das melhores redes ferroviárias do mundo. JR, as Rede Ferroviária do Japão cobrem quase todo território nacional e gozam de um a boa fama no tocante a pontualidade e velocidade. Existem diversas classes de trens como o futsu, que realiza paradas em todas as estações ou o Tokkyu, um expresso limitado que só pára nas principais estações, assim com diversas classes com primeira, vagão cama, etc.

Entre os trens mais famoso encontram-se os chamados "trens bala" ou Shinkansen. Existem 3 linhas: o Tokaido-Sanyo que une Tóquio e Fukuoka, cobrindo os 1.177 quilômetros de distância em 5 horas, o Tohoku Shinkansen que vai de Ueno a Tóquio e Morioka em 3 horas e 25 minutos e o Joetsu Shinkansen que une as cidades de Ueno e Niigata em 2 horas, aproximadamente.

Existe um passe ferroviário chamado Japan Rail Pass, de 7, 14 e 21 dias que só pode adquirir-se fora de Japão nas oficinas de Japan Airlines e em determinadas agencias de viagem. É necessário conservar o bilhete até o final da viagem já que terá que mostra-lo ao abandonar a estação de destino.

Barco
Japão conta com uma extensa rede de barcas que unem os principais portos das ilhas. As rotas mais populares conectam Tóquio com portos de Hokkaido e com outros pontos do sul com a cidade de Fukuoka. Há ademais numerosas barcas que navegam pelo mar interior de Seto, assim como elegantes cruzeiros que realizam circuitos de vários dias pelos principais portos do país.

Carro
Por várias razões dirigir em Japão não é muito recomendável. A maioria dos letreiros estão em japonês, se dirige pela esquerda, é necessário uma licença internacional de dirigir, os pedágios das auto-estradas são caros e em algumas cidades, como Tóquio, o tráfego pode ser caótico. A isto há que somar o fato de que as ruas das cidades não têm nome, já que se utiliza um complexo sistema de números.

Metrô e Trens Suburbanos
As cidades de Tóquio, Osaka, Nagoya, Yokohama e Sapporo dispõem de um serviço de metrô. Sem lugar duvidas é uma das melhores formas para mover-se pelas cidades. Os bilhetes se adquirem nas máquinas que aceitam moedas e alguns casos notas de 1.000. as tarifas estão baseadas na distância e se consegue reconhecer o caracter do seu destino, a menos que apareça escrito em caracteres latinos, deposite o importe exato. Em caso contrário compre o bilhete mais barato já que na saída o cobrador lhe indicará a diferença que tem que pagar. Os bilhetes se validam nas maquinas de entrada (borboletas) ou em caso de não existir o fará um funcionário do metrô. Se pensa utilizar com freqüência este transporte pode comprar o bilhete para um dia que permite utilizar diferentes linhas ou melhor, o bilhete combinado, que possibilita o uso do metrô, trens suburbanos e ônibus.

As estações de metrô e as de trem estão bem sinalizadas com caracteres japoneses e latinos e é muito recomendável certificar-se do destino e de que se vai na direção correta, assim como a de saída já que um erro pode transformar-se em uma odisséia, especialmente em estações como Shinjuku, em Tóquio, que conta com mais de 60 bocas de acesso.

Em Tóquio a linha circular se chama Yamanote (trens de cor verde) e corre pela superfície. É muito recomendável para obter um idéia global da capital. Em Osaka a linha circular se chama Osaka Kanjo.

Ônibus
Existem serviços de ônibus expressos que circulam pelas principais auto-estradas, como os que unem Tóquio, Nagoya, Kyoto e Osaka. São muito populares os ônibus noturnos e é aconselhável reservar com antecedência em qualquer agencia de viagem ou nas estações de Trens de Japão.

Ônibus Urbanos
As principais cidades do país contam com uma boa rede de ônibus. Entretanto é um pouco difícil de utilizá-los já que, a exceção do de Kyoto, os destinos e as rotas são anunciadas com caracteres japoneses (incluso para os próprios habitantes muitas rotas são complicadas). Se aventura, saiba que há de depositar o importe exato na caixa que se encontra junto ao motorista, ao descer do ônibus. Se não dispõe do importe exato, há outra máquina que aceita só moedas e devolve troco.

Táxi
Os táxis em Japão costumam ser muito caros. Os dois primeiro quilômetros tem um preço fixo a que se soma uma quantidade por cada 300 metros de percorrido. Pode-se pegar em qualquer lugar, nas principais cidades, em outras cidades residenciais pode existir paradas de táxi nas estações. A diferença da Europa, a luz vermelha indica que estão livres enquanto que a luz verde indica que estão ocupados. No momento em que o táxi se aproxime, é conveniente afaste-se um pouco, já que as portas se abrem automaticamente. Depois das 23:00 h até as 5:00 h a tarifa sofre um incremento de 30%.